Les pêches sont exposées à de nombreuses maladies : la stérée pourpre (Chondrostereum purpureum), le chancre bactérien (Pseudomonas syringae) et le pourridié (armillaria) sont autant de risques de mort de l'arbre. Parmi les virus, on compte aussi la mosaïque jaune des bourgeons, les taches annulaires des prunus et le phytoplasme du pêcher. Tous réduisent la productivité des arbres et la qualité des fruits.
Les nectarines sont particulièrement sujettes aux craquelures en cas d'averses au moment où elles ont presque atteint leur maturité.
La stérée pourpre (Chondrostereum purpureum) et le chancre bactérien (Pseudomonas syringae) sont de graves maladies des pruniers dans de nombreux pays. La moniliose, qui attaque les fleurs, et la pourriture brune des fruits mûrs sont difficiles à maîtriser dans les climats humides. Le Plumpox virus (ou virus de la sharka) est une maladie dévastatrice en Europe. Le secteur agricole a mis en place des mesures de quarantaine afin d'empêcher sa propagation à l'extérieur des régions touchées.
Les prunes européennes souffrent moins des ravageurs que les autres fruits à noyau. Les vers gris et les tordeuses peuvent cependant endommager les feuilles et les fruits.
Certaines variétés (Tilton, par exemple) ont tendance à fleurir tous les deux ans uniquement. Une nutrition appropriée, l'éclaircissage précoce et la taille sélective dans le but d'encourager le bois nouveau aident à minimiser cette condition. Les ravageurs et les maladies peuvent facilement endommager la peau des abricots. Toute apparition de tache réduit la valeur de la récolte. Des attaques précoces de moniliose, de tétranyque rouge, de criblure et de bactériose se traduisent par des taches ou des mouchetures. Le mildiou poudreux peut également marquer des fruits. La pourriture brune provoque la perte de fruits et doit être contrôlée à l'aide de fongicides appliqués pendant la floraison. La récolte est en outre susceptible d'être endommagée par une variété d'insectes et d'acariens.
Une coupe sélective excessive peut rendre les arbres plus vulnérables aux gommoses (Pseudomonas syringae).
Les cerises sont des fruits particulièrement attrayants pour les oiseaux, c'est pourquoi l'installation de filets est très fréquente. Les cultures souffrent également de maladies difficiles à contrôler telles que l'anthrachnose du cerisier (Blumeriella jaapi) et la moniliose bactérienne/le chancre bactérien (Pseudomonas syringae). Les fongicides de pré-récolte sont particulièrement importants afin de minimiser les risques de maladies susceptibles d'enlaidir les fruits. Les mouches des fruits, pucerons, limaces des cerises et tordeuses sont tous les parasites majeurs.